Desarrolla alumno de la FCQ sistema bioinformático

Con la finalidad de generar un nuevo conocimiento que permita el desarrollo de fármacos modernos para disminuir problemas y amenazas a la salud humana, Ernesto Ríos Willars, estudiante del doctorado en Biotecnología de la Facultad de Ciencias Químicas (FCQ) de la Universidad Autónoma de Coahuila (UAdeC), diseñó el Sistema Bioinformático para el Alineamiento de Secuencias Genéticas, GAAPd.

Con este tipo de acciones emprendidas por académicos investigadores dentro de los planteles universitarios, la casa de estudios patentiza una vez más el fin sustantivo de la divulgación científica, quehacer institucional que retribuye en gran medida a la generación de conocimiento y a su vez buscar el bienestar de la humanidad.

Para este proyecto y con la asesoría de Ernesto Liñán García, coordinador del cuerpo académico Modelo de Ingeniería y Ciencias Aplicadas de la Facultad de Sistemas y del área de la biotecnología de la Facultad de Ciencias Químicas a través de la coordinadora de investigación y posgrado Yolanda Garza García, Ríos Williars usó lenguajes de programación de código abierto y equipo de cómputo convencional, lo que permitieron un algoritmo capaz de resolver complejos problemas de alineación de secuencias genéticas, sin la necesidad de software y hardware especializados.

Señaló que el alineamiento de secuencias genéticas es uno de los principales retos de la bioinformática, ya que suele ser uno de los pasos iniciales en estudios con simulación computacional, por ello con la información técnica del proyecto GAAPd, da como resultado un alineamiento de secuencias genéticas, se explora y se encuentran regiones conservadas entre genomas y genes de organismos, determinándose con ella la eficiencia de los algoritmos empleados en esta área de estudio.

Ríos Willars, comentó que, hasta el momento, este proyecto ha encontrado que las diversas herramientas bioinformáticas tienen como límite de trabajo algunos miles de pares de bases de longitud en el alineamiento. En el caso del sistema híbrido GAAPd, es capaz de trabajar con secuencias del orden de los 150 mil pares de bases, con lo que se ha podido estudiar y generar alineamientos de genomas virales completos, como es el caso de cepas del herpes y las secuencias conocidas del Zika.

La doctora Yolanda Garza, asesora del proyecto, señaló que este trabajo contribuye de manera significativa a incrementar las estrategias de solución y a la generación de conocimiento.

El doctor Ernesto Liñán destaca la vinculación entre la biotecnología e informática como un importante paso para el progreso de ambas ciencias; por un lado, propiciando un mayor análisis de información biológica y por el otro, aplicaciones surgidas a partir de la informática para el avance científico.

“Estamos considerando información del área de biotecnología, tiene mucha información, hay bases de datos de secuencias y se requiere hacer un procedimiento, un avance en la información de las secuencias, ahí radica la importancia en aplicar la informática para análisis de la información genómica”, externó el doctor Liñán García.

“En el futuro se contempla aplicar el algoritmo para el estudio de virus gigantes, se visualizarán como la posibilidad de generar conocimiento que permita comprender el funcionamiento de estos virus que, en buena parte, son hasta ahora desconocidos”,
Ernesto Ríos Willars
Estudiante de Doctorado en Biotecnología

OPB